聲卡是歷史比較悠久的配件了，因此也存在比較多的軟硬件兼容問題，比如Windows XP 無法識別一些比較老的聲卡。遇到這類情況，可以嘗試將該聲卡升級安裝Windows XP。喜歡偶爾玩一下DOS 下經典游戲的朋友可能會遇到PCI 聲卡在DOS 下無法正常發聲的問題，這是因為在DOS 下不兼容原來的IRQ、DMA 中斷，導致PCI 聲卡無法支持按Sound Blaster 標準而設計的程序。為此，聲卡廠商們提出了一個SB-Link 解決方案。PCI 聲卡可以通過SB-Link(音頻連接線)與主板相連接，將ISA 總線的DMA 和IRQ 信號從主板傳送到PCI 聲卡上，使DOS實模式下的游戲能夠正常進行。遇到此類問題，只須用專用連接線把兩個接頭連接起來，再安裝好DOS 下的聲卡驅動程序就可以了。
其他還有早期的SB live！聲卡與Coppermine CPU 和VIA 芯片組主板不太兼容，如果打開硬盤的DMA 模式，系統就會出現非法操作，死機甚至系統崩潰。過去一款較為有名的S90 聲卡兼容性問題也很突出，與某些AGP 顯卡共存時，常會出現一些兼容性方面的問題，影響系統穩定。安裝時注意不要將S90聲卡安裝在第一個PCI 插槽中。
